工作原理是利用瓜子和其它夹杂物和物理机械性能的不同来进行的。种子清选设备利用以下几种特性实现分离：

　　（1） 按重量及空气动力学特性：用风机。（2） 按种子宽度和厚度尺寸分离：用各种筛子。

　　种子清选设备利用子粒和夹杂物在形状、尺寸、比重、表面特性和空气动力学特性等方面的差异，选出合格优良种子的机械。包括清种机和选种机。清种机用于从种子中清除夹杂物；选种机用于从清杂后的种子中精选出健壮饱满、生活力强的子粒，必要时按种子的外形尺寸分级。